本註釋叢書的設計有幾個特點。以下說明旨在幫助讀者充分利用此書。

聖經選段
本註釋書把聖經經文分成選段或段落，一般以數節為限。每個選段的開首都附設一個標題；標題下則列出引自《新標點和合本》和《思高聖經》的經文。所列的經文既為方便讀者，同時也為符合中世紀教父註釋書的格式。

概述
每一選段之下提綱挈領的概述，將不同時期、不同來源的教父註釋，整理出一條合理的連貫思路和主線，讓讀者全面預覽教父對該選段的註釋，也一睹時空差異之下釋經傳統的連續性。

標題
每卷書的每一選段都引用多位教父的註釋，因此我們把這些選段分成兩個層次。首先是經節和該節的標題，然後是教父就該節所作出的註釋。每段註釋都通過一個關鍵語句，一個比喻或者一個概念，用標題把教父註釋的精義概括出來。這個特點如同架起了一座橋，使現代讀者得以進入教父註釋的核心。

註腳
讀者欲進一步研究本註釋書引用的教父著作，就必須留意文中註釋部分的上標註腳號碼；註腳主要列出一些註解，以及有關英文譯本的資料（如有的話）或引用的標準原文版本；這些譯本或版本資料都是以該作品的現代版本縮寫（通常引用書名、卷數和頁碼）列出。
為方便讀者搜尋電子版原文文本，我們在「附錄：本書引用的早期基督教作家和引用的文獻」，對某些文本提供了「希臘文文庫」（Thesaurus Lingua Graecae，簡寫TLG）或「電子資料處理中心」（主要是拉丁文文本方面；Centre de traitement électronique des documents，簡寫Cetedoc）的參考目錄。

索引
本叢書中的所有索引（包括「作者和作品索引」、「主題索引」和「聖經經文索引」）均以英文版本的索引為主，列出的頁碼亦以英文版本的頁碼為依據；這頁碼可見於內文每頁的兩欄旁（中文版本頁碼則見於每頁下方）。

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